Perform di JPG

JKT48 tampil pertama kali di Jepang dalam konser AKB48 Kōhaku Taikō Uta Gassen, 20 Desember 2011 di Tokyo Dome City Hall. Enam belas anggota JKT48 tampil di konser keluarga besar AKB48, SKE48, NMB48, dan HKT48. Selain ditonton oleh sekitar 2.000 orang penonton di Tokyo Dome City Hall, konser ini juga ditayangkan secara langsung di 113 layar gedung bioskop di seluruh Jepang, serta di YouTube dan Google+.Dalam konser ini, keluarga besar AKB48 yang keseluruhan berjumlah 155 orang dibagi menjadi dua tim, tim merah dan tim putih yang masing-masing berusaha memperlihatkan penampilan terbaik mereka.JKT48 dimasukkan ke dalam tim merah. Enam belas anggota JKT48 tampil di panggung sebagai bintang tamu sekaligus kejutan untuk penonton.Sebagai wakil tim merah, JKT48 membawakan lagu "Aitakatta" dalam bahasa Indonesia, melawan HKT48 dari tim putih dengan "Te o Tsunaginagara".

Pada 21 Desember 2011, JKT48 muncul dalam acara televisi Waratte Iitomo! di Fuji TV menyanyikan "Aitakatta" yang liriknya diteruskan dalam bahasa Indonesia "Denganmu...". Enam anggota JKT48, Shania, Cleopatra, Rena, Nabilah, Melody, dan Ayana tampil dalam acara promosi pariwisata Indonesia yang diadakan Garuda Indonesia di Bandar Udara Internasional Narita, 24 Desember 2011.

Pada acara malam tahun baru Kōhaku Uta Gassen di televisi NHK Jepang, 31 Desember 2011, JKT48 tampil satu panggung bersama-sama AKB48, SKE48, NMB48, SDN48, dan HKT48 hingga mereka seluruhnya berjumlah 210 orang. Dalam pertunjukan berjudul "Kouhaku 2011 AKB48 Special MAX "Gambarou Nippon!", keluarga besar AKB48 membawakan "Kaze wa Fuiteiru", "Flying Get", dan "Everyday, Katyusha" secara medley. Pada akhir lagu, anggota JKT48 ikut membentuk huruf hiragana "N" sebagai bagian dari seruan "Ganbarou Nippon" (がんばろう日本！！ "Terus berjuang, Jepang!"^?) yang dibentuk dari formasi anggota di atas panggung. Pada akhir penampilan mereka, JKT48 mendapat pujian dari kapten AKB48 Minami Takahashi untuk kepandaian mereka membentuk formasi huruf.

Pada 20 Januari 2012, dua belas anggota JKT48 tampil sebagai ancora pada malam kedua konser AKB48 Request Hour Setlist Request 100, 2012. Konser ini berlangsung selama 4 malam di Tokyo Dome City Hall, mulai 19 Januari hingga 22 Januari 2012, menggelar 100 lagu pilihan hasil pilihan penggemar, 25 lagu setiap malamnya.

Melody dari JKT48 terpilih sebagai anggota Special Girls A yang menyanyikan lagu "New Ship" dalam singel AKB48, "Give Me Five!". Lagu "New Ship" adalah lagu ketiga pada singel Tipe A. Singel tersebut juga disertai DVD yang di antaranya berisi video musik "New Ship". Melody berperan sebagai siswi pindahan di sekolah menengah atas Jepang. Posisinya sebagai double center, menyanyi di tengah depan bersama Jurina Matsui dari SKE48.

Dari 23 Maret hingga 25 Maret 2012, JKT48 tampil selama tiga malam berturut-turut di Saitama Super Arena, Prefektur Saitama. Mereka pentas bersama keluarga besar AKB48, SKE48, NMB48, HKT48, dan SDN48 dalam konser Gyoumu Renraku, Tanomu Zo, Katayama Buchou!. Total 239 anggota keluarga besar AKB48 tampil dalam konser ini, termasuk 16 anggota JKT48. Setiap malamnya, konser ini disaksikan oleh sekitar 25.000 orang penonton yang memenuhi kapasitas arena. Pada konser malam pertama, JKT48 membawakan "Heavy Rotation". Pada malam kedua, mereka membawakan "Aitakatta". Melody bersama Special Girls A tampil sebagai encore membawakan lagu "New Ship". Mereka pada malam terakhir membawakan lagu "Karena Kusuka Dirimu"/"Kimi no Koto ga Suki Dakara". Selain tampil sebagai grup, JKT48 juga menyanyikan lagu berbahasa Jepang secara massal bersama saudara-saudara kembar mereka.

JKT48 tampil pertama kalinya dalam iklan televisi di Jepang untuk produk kosmetik Nameraka Honpo Whitening Series dari Tokiwa Pharmaceuticals. Dua belas anggotanya tampil dalam acara peluncuran iklan Nameraka Honpo di Tokyo, 16 April 2012. Anggota JKT48 berlarian di pantai mengejar karakter bernama Mochimochi-kun diiringi lagu "Heavy Rotation" versi bahasa Indonesia.

JKT48 tampil tiga malam berturut-turut pada konser AKB48 in Tokyo Dome, 1830m no Yume, 24-26 Agustus 2012. Setiap malamnya JKT48 membawakan lagu "Baby! Baby! Baby!" versi bahasa Indonesia.Melody bersama Jurina Matsui menempati posisi sentral Special Girls A, menyanyikan lagu "New Ship".Pada malam pertama, JKT48 bersama SKE48, NMB48, dan HKT48 membawakan lagu "Namida Surprise!".Konser tersebut setiap malamnya ditonton oleh 48.000 orang penonton, total 144.000 penonton selama tiga malam.

Tanggal 3 November 2012 empat anggota JKT48, Shania, Rena, Melody dan Ayana bertolak menuju Jepang untuk menghadiri 'Special Event with JKT48' di AKB48 Cafe & Shop Akihabara, menandai kepindahan Aki Takajo dan Haruka Nakagawa dari AKB48 ke JKT48. Acara diisi dengan adu talenta serta sesi tanya jawab dengan peserta. Di akhir acara, keenam anggota JKT48 diminta menyanyikan 'Heavy Rotation' versi bahasa Indonesia.